mercoledì 27 settembre 2017

3A - DNA: cos'è e com'è fatto. Costruiamo un modello.

L'acido desossiribonucleico o deossiribonucleico (in sigla DNA, dall'inglese DeoxyriboNucleic Acid) è un acido nucleico che contiene le informazioni genetiche necessarie alla sintesi dell'RNA (un altro acido nucleico, implicato in vari ruoli biologici di codifica, decodifica, regolazione ed espressione dei geni) e proteine, molecole indispensabili alla maggior parte degli organismi viventi.

Dal punto di vista chimico, il DNA è un polimero (polimero o macromolecola: sono termini equivalenti) organico costituito da nucleotidi. Tutti i nucleotidi sono costituiti da tre componenti fondamentali: un gruppo fosfato, uno zucchero (un pentoso: il deossiribosio) e una base azotata.

Le basi azotate che possono essere utilizzate nella formazione dei nucleotidi sono quattro: adenina A, guanina G, citosina C e timina T mentre nell'RNA, al posto della timina, è presente l'uracile U.
Ogni tipo di base presente su un filamento forma un legame con la base posta sul filamento opposto. A può legare solo T e G può legare solo C.
I due "filamenti" avvolti a spirale che costituiscono la molecola possono essere allontanati tra loro, come avviene per una cerniera.


Tutte le informazioni contenute nella doppia elica possono essere duplicate. La sequenza dei nucleotidi costituisce l'informazione genetica, la quale è tradotta con il codice genetico negli amminoacidi corrispondenti.
Amminoacido

La sequenza amminoacidica prodotta forma le proteine. La sintesi proteica è possibile solo in presenza di una molecola intermedia di RNA, che è generata in un processo noto come trascrizione.
L'informazione genetica è duplicata attraverso un processo noto come replicazione del DNA, che evita la perdita di informazione nel passaggio tra diverse generazioni cellulari.

Dove si trova il DNA?
I procariòti (pro- «prima» e karyon «nucleo») sono cellule caratterizzate dall'essere prive di un nucleo strutturato, al contrario delle cellule degli eucarioti. In essi il DNA può essere organizzato in cromosomi o meno. Negli eucarioti, il DNA è all'interno del nucleo in strutture chiamate cromosomi.

EUCARIOTE

PROCARIOTE

Chi ha compreso per primo la struttura del DNA?
Rosalind Franklin è una ragazza nata negli Venti da una famiglia ricchissima e colta. E' testarda e intellettualmente dotatissima. A 18 anni è ammessa al Newnham College di Cambridge, proprio mentre l’Europa si prepara alla tragedia della guerra e all’Olocausto.
Si specializza in cristallografia, e poi consegue il dottorato. Dopo la guerra è a Parigi per approfondire le tecniche di diffrazione dei raggi x. E’ talmente brava che nel 1950 viene proposta per un incarico al al King's College di Londra dove erano iniziate le ricerche sul DNA. Il laboratorio è diretto dal biofisico Maurice Wilkins, con il quale i rapporti sono subito difficili.
Wilkins, suo coetaneo, la tratta da assistente, mentre è lei ad avere le competenze cristallografiche necessarie allo studio della struttura degli acidi nucleici. Prepara i campioni e realizza foto incredibili per precisione e bellezza, tra cui la celebre numero 51, che le verrà sottratta di nascosto.
Il clima è insostenibile e lei si trasferisce al Birkbeck College. Intanto Wilkins svela i risultati della scienziata a Watson e Crick del Cavendish Laboratory. Pubblicando A structure for deoxyribose nucleic acid, essi si appropriano di fatto della scoperta e del Nobel.
I due non riconobbero mai l'apporto dato alla ricerca dalla Franklin. La comunità scientifica comincia ad avere qualche sospetto solo nel 1968, con la pubblicazione de La doppia elica, in cui Watson descriverà Rosalind come una donna malvestita, bisbetica, professionalmente gelosa e poco collaborativa. Un quadro che trasuda ottusità e maschilismo, e che preannuncia una serie di clamorose dichiarazioni sull’eugenetica e l’inferiorità dei neri rilasciate da Watson in anni successivi. Intanto la Franklin studia la struttura dei virus, ed ottiene un importantissimo risultato con quello del mosaico del tabacco. Nel 1956, al culmine della sua carriera scientifica, parte per gli USA. Durante il viaggio si manifestano dei dolori atroci, segnale di un cancro in stato avanzato. Lei continuerà a pubblicare articoli di grande valore per due anni, fino a quando la malattia la vinse. Oggi finalmente il suo contributo alla scienza è stato riconosciuto.


Rosalind Franklin (1920-1958)

Quanto è "grande" una molecola di DNA?
Il DNA è un lungo polimero costituito da unità ripetute di nucleotidi. La catena del DNA è larga tra i 22 ed i 26 Ångström (da 2,2 a 2,6 nanometri: 1 namometro è un miliardesimo di metro) ed ogni unità nucleotidica è lunga 3,3 Ångstrom (0,33 nanometri). Sebbene ogni unità occupi uno spazio decisamente ridotto, la lunghezza dei polimeri di DNA può essere sorprendentemente elevata, dal momento che ogni filamento può contenere diversi milioni di nucleotidi. Ad esempio, il più grande cromosoma umano (il cromosoma 1) contiene quasi 250 milioni di paia di basi.

Cos'è il codice genetico?
Il codice genetico è l'insieme delle regole che traducono l'informazione contenuta negli acidi nucleici che formano i geni per la sintesi di proteine nelle cellule. Le proteine sono macromolecole, costituite da una o più lunghe catene di amminoacidi.
Le proteine differiscono nella loro sequenza di amminoacidi. Gli amminoacidi sono molecole organiche che hanno nella loro struttura il gruppo funzionale amminico (-NH2) sia quello carbossilico (-COOH). Il legame peptidico si genera nel momento in cui si uniscono due strutture molecolari, con la perdita di una molecola di H2O:  il gruppo amminico -NH2 si unisce con  -COOH

Legame peptidico
Gli amminoacidi essenziali sono 20, e sono quegli amminoacidi che un organismo vertebrato non è in grado di sintetizzare da sé ma che deve assumere con l'alimentazione. Ogni amminoacido può essere indicato con una terna di lettere, oppure con la sua iniziale, esempio: glicina = GLY oppure G.

Decifrare il codice genetico
Agli inizi degli anni Sessanta, i biologi molecolari sono riusciti a decifrare il codice genetico.
Si sono chiesti: come è possibile scrivere 20 «parole» con un alfabeto di sole quattro lettere?
Ovvero, come fanno le quattro basi (A, U, G, C) a specificare 20 diversi amminoacidi?
Proviamo a combinare coppie di basi:



Trovo 16 coppie, un numero insufficiente. Proviamo con le triplette, combinando di nuovo le 16 coppie con le 4 basi:


Chiamiamo le  triplette codoni. Un codice a triplette dà 4 x 4 x 4 = 64 codoni, più che sufficienti per 20 amminoacidi.
Abbiamo parole di tre lettere chiamate codoni, costituite dalla sequenza di tre nucleotidi (ad esempio ACU, CAG, UUU), ognuna delle quali è associata ad un amminoacido.
Ad esempio UUU codifica la fenilalanina. Poiché esistono 64 triplette possibili e solo 20 amminoacidi, il codice genetico è detto ridondante: alcuni amminoacidi possono infatti essere codificati da più triplette diverse. Non è invece vero il contrario: ad ogni tripletta corrisponderà un solo amminoacido. Esistono infine tre triplette che non codificano alcun amminoacido, ma rappresentano codoni di stop, ovvero indicano il punto in cui, all'interno del gene, termina la sequenza che codifica la proteina corrispondente: si tratta dei codoni UAA, UGA e UAG.
Un altro modo per far capire come si generano le triplette è il seguente:


Ora proveremo a costruirci un modello della macromolecola DNA a partire dai nucleotidi.

QUANTO E' GRANDE IL DNA?
L'ångström (Å), o angstrom (pronuncia: /'ɔŋstrœm/), è un'unità di lunghezza non appartenente al Sistema internazionale (SI) corrispondente a 0,1 nm (0,1 nanometri) o 1×10^−10 m.
L'ångström prende nome dal fisico svedese Anders Jonas Ångström, uno dei padri della spettroscopia. Viene spesso impiegata per indicare le dimensioni delle molecole e degli atomi.

Il diametro dell’elica è di 20 Å, le basi adiacenti sono separate da 3,4 Å lungo l’asse dell’elica. I legami di una coppia di basi sono sempre distanti tra loro 10,8 Å.


lunedì 25 settembre 2017

3A-Il lavoro dello scienziato

L'analisi dei reperti fossili e l'anatomia comparata sollecitano ad attente osservazioni.
Guarda le immagini ed elenca le differenze. Rifletti sul lavoro dello scienziato.
L'ultimo ritrovamento a Naledi
Uomo di Naledi, H. sapiens e Lucy

Esempio di reperto fossile
Ricostruire la storia della specie è un lungo e complesso lavoro
L'anatomia comparata ci fa capire a chi può appartenere un osso e se l'individuo camminava eretto o no


A chi potrebbero appartenere?


Cosa evidenziano le frecce rosse?
A. afarensis e H. sapiens: le differenze

Evoluzione della capacità cranica


L'angolo del femore rispetto alla verticale cambia nelle tre immagini?

venerdì 22 settembre 2017

3A - Evoluzione

Quanto siamo diversi dai gorilla?



Cosa fa la differenza?

Leggiamo un estratto dal National Geographic.
(tutto l'articolo qui http://www.nationalgeographic.it/natura/animali/2012/03/08/news/noi_e_i_gorilla_parenti_ancora_pi_stretti-896367/)

Un gruppo di scienziati ha sequenziato il genoma dei gorilla, scoprendo che la loro "parentela" con gli esseri umani è più stretta di quanto si pensasse. L'individuo studiato è una femmina di nome Kamilah, un gorilla di pianura occidentale ospitato nello zoo di San Diego.
Nel 2008, quando la gorilla aveva 30 anni, un'équipe di genetisti del Wellcome Trust Sanger Institute, un centro di ricerca britannico, ha raccolto il suo DNA; quattro anni dopo, i risultati dello studio vengono pubblicati dalla rivista Nature. Viene così completato il sequenziamento del genoma di tutti i grandi primati: oltre il gorilla, conosciamo quello dello scimpanzé, dell'orango e, naturalmente, quello dell'uomo.

La comparazione tra il DNA del gorilla e il nostro ci aiuterà a indagare sulle origini dell'essere umano e sulla separazione della nostra linea evolutiva da quella delle scimmie antropomorfe, avvenuta in Africa tra sei e dieci milioni di anni fa.

"La sequenza del genoma umano è identica forse al 98 per cento a quella del gorilla", spiega Chris Tyler-Smith, un altro genetista del Wellcome Trust. "In altre parole, gran parte dei nostri geni sono molto simili o addirittura identici ai corrispondenti geni dei gorilla. Ma quelle che ci interessano di più sono le poche sequenze differenti". Una delle scoperte più interessanti, ad esempio, è un gene che con tutta probabilità determina la crescita di uno strato di cheratina - la proteina di cui, ad esempio, sono fatte le unghie - sulle nocche delle mani dei gorilla. Una variante genetica che permette all'animale di appoggiarsi sulle nocche mentre cammina, e che sembra assente nell'uomo.


3A - Modelli di molecole

Metano, formula di struttura e modello ball-and-stick:



Formule di struttura di etano e propano:




Modellini ball-and-stick di etano e propano:



2A - Analisi sensoriale

Con l’analisi sensoriale si chiede di esprimere dei giudizi su quanto si percepisce di un certo prodotto alimentare. Noi abbiamo analizzato tre cultivar di mele: Granny Smith, Golden, Red Delicious.

  Agli assaggiatori si chiede di compilare una scheda assegnando dei punteggi a 1 a 5 a determinate caratteristiche (noi ne abbiamo indicate sei). Si può così mettere in evidenza il livello di gradimento di ogni prodotto per l’aspetto visivo, olfattivo e gustolfattivo. Abbiamo annusato, percepito suoni (il "croc" del morso), assaporato, percepito sensazioni tattili (polpa croccante o farinosa, rilevamento del succo): un insieme molto complesso di sensazioni che determinano il nostro punteggio.
Abbiamo poi costruito un diagramma a radar. Di seguito un esempio:


Dai nostri dati è emersa una spiccata preferenza per la Granny Smith.
Il successo di una cultivar dipende da una serie di fattori ed è molto interessante capire perché. I produttori lo sanno molto bene e si investe parecchio in analisi chimico-fisiche sul prodotto e analisi sensoriale per capire i gusti dei consumatori. Un insieme complesso di dati che richiede il contributo di agronomi, chimici, fisici, statistici, legali.
La mela verde Granny Ramsey Smith, nota comunemente come Granny Smith (nonna Smith), è originaria dell'Australia, dove fu scoperta da Maria Ann Ramsey Sherwood Smith (1799-1870). Si tratta di un ibrido nato in natura del melo selvatico col melo, propagato poi dalla Smith che pare ne trovò un esemplare nel suo giardino.
Si diffuse rapidamente in Nuova Zelanda, poi nel Regno Unito (1935) e più recentemente (1972) negli USA. E' una mela nota per via della sua buccia lucida e di colore verde brillante e per il suo gusto spiccatamente acidulo, poco zuccherino. La polpa è compatta e succosa, croccante, particolarmente adatta alla cottura.



sabato 16 settembre 2017

3A - Pesci: riflessioni e domande

RIFLESSIONI E DOMANDE FATTE DURANTE L'ATTIVITA'

MISURE
 • Abbiamo misurato “altezza” del pesce (escluse le pinne dorsali e ventrali) e “lunghezza” (escluse le pinne caudali).
 • Come si può ricavare una misura di “rotondità” avendo “altezza” e “lunghezza”? La rotondità è il rapporto tra le due.
• Si divide l’altezza per la lunghezza o viceversa? Abbiamo provato i due modi ma concludiamo che se si divide l’altezza per la lunghezza il numero che risulta è più grande per il pesce più tondo. Abbiamo un “coefficiente di rotondità”.

GENERAZIONI
• Abbiamo considerato le varie generazioni di pesci.
• I pesci G1 sono “figli” di quale pesce? Del primo modello, che abbiamo chiamato "antenato".
• Ha senso l’espressione usata “figli di”? Sì, se usata nel senso di “riprodotti da”.
• I pesci 2 sono “figli” di quale pesce? Del secondo modello scelto dalla prof, che era il pesce più tondo della generazione 1.
 • I pesci 3 sono “figli” di quale pesce? Del terzo modello, che era il pesce più tondo della generazione 2.
 • I pesci G1 sono più o meno tondi dei pesci G2? e G2 rispetto a G3? G1 è meno tondo dI G2 e G2 meno tondo di G3. La valutazione è stata fatta confrontando le generazioni nel loro insieme.

MEDIA
• Questa differenza tra generazioni si può misurare? Per esempio con la media. La media è una rappresentazione matematica, dà un’idea della distribuzione delle grandezze fisiche degli elementi nel gruppo.
 • Abbiamo calcolato la media sommando le misure di tutti gli elementi dell’insieme e dividendo in parti uguali per il numero di elementi. La media è la misura della grandezza che avrebbe ciascun elemento se fossero tutti uguali, se cioè la grandezza fosse ridistribuita in modo uniforme.

SELEZIONE
 • Che cosa è successo ai pesci passando di generazione in generazione? Che la rotondità media del branco è aumentata, ovvero che le generazioni successive sono composte di pesci sempre più tondi.
• Perché? Perché la riproduzione è riservata solo ad alcuni pesci selezionati: i pesci G2 sono tutti figli del pesce che in G1 era il più tondo; i pesci G3 sono figli del pesce più tondo di G2.

Altre domande:
• E perché, se il genitore è più tondo, i figli sono più tondi? Perché i figli, anche se non sono uguali, assomigliano al genitore.
• Gli assomigliano già alla nascita? Ad esempio nella lunghezza?
• Ma la lunghezza massima raggiunta dipende solo dall’ereditarietà? No ci sono condizioni ambientali (es. nutrizione) che influiscono. Occorre distinguere (è non è facile) le influenze dell’ereditarietà e quelle dell’ambiente.

3A - Pesci: i dati

I dati sui pesci:

L'indice calcolato come L/h ci dice che più è piccolo il valore più è rotondo il pesce. Se definiamo come indice di rotondità l'inverso di L/h, cioè h/L, avremmo che più è grande il valore, più è rotondo il pesce: più intuitivo.
Potremmo realizzare dei grafici per visualizzare i risultati:


giovedì 14 settembre 2017

2A- Ripasso delle operazioni con le frazioni

ADDIZIONE E SOTTRAZIONE




MOLTIPLICAZIONE








DIVISIONE


POTENZE


ESPRESSIONI

mercoledì 13 settembre 2017

3A-Pesci

L'attività fatta in classe è tratta da una proposta didattica di Marcello Sala (Pikaia). Il compito era riprodurre in modo assolutamente fedele il disegno di un pesce disegnato su un foglio A4.


Tra tutti i pesci la prof ne ha scelto uno che poi è stato copiato su un altro foglio A4, come in precedenza.


Tra i nuovi disegni realizzati la prof ha nuovamente scelto un pesce, e di nuovo ci ha chiesto di copiarlo.


Poi abbiamo appeso i nostri disegni. Quelli più in basso sono la terza "generazione" di pesci.

TUTTE E TRE LE GENERAZIONI DI PESCI
ALCUNI PESCI DELLA TERZA GENERAZIONE
La forma è stata il criterio che i disegnatori hanno scelto per copiare i pesci.
Nella prima "generazione" di pesci i disegni erano tutti uguali? No.
I pesci sono stati disegnati diversi con uno scopo? No.
Nessuna intenzionalità o finalità: la variazione è effetto di “errori” dei disegnatori nella riproduzione. La riproduzione comporta una variazione casuale.
In una popolazione c’è sempre diversità.
Di tutti i pesci della generazione 1 la prof ha scelto arbitrariamente il pesce più "tondo" . La stessa cosa è stata ripetuta con le generazioni 2 e 3.

Come sono gli ultimi pesci rispetto all'antenato?
I pesci 1 sono “figli” del pesce "antenato", il primo modello.
I pesci 2 sono “figli” del secondo modello, che era il pesce più tondo del gruppo 1.
I pesci 3 sono “figli” del terzo modello, che era il pesce più tondo del gruppo 2.
Abbiamo prodotto 4 generazioni successive.
Rispetto al modello iniziale, i pesci sono più "rotondi".

Come si può stabilire la “rotondità” del pesce con un criterio più scientifico?
L'indice di "rotondità del pesce" si calcola facendo il rapporto altezza/lunghezza. Se i pesci fossero circolari l'indice varrebbe 1 (lunghezza=altezza).
L'idea è che ciascuno calcoli l'indice di rotondità dei suoi pesci per calcolare poi la media delle tre generazioni disegnate.
La media è una rappresentazione matematica, non misura una grandezza fisica, ma dà un’idea della distribuzione delle grandezze fisiche degli elementi nel gruppo. Questo è il senso della statistica.
Di che cosa è misura la media? È la misura della grandezza che avrebbe ciascun elemento se fossero tutti uguali, se cioè la grandezza fosse ridistribuita in modo uniforme.

Per far questo useremo Excel o un foglio di calcolo Google:
FILE.
La prossima volta si organizzeranno i dati e si discuteranno i risultati.